우리대학의 대학원은 일반대학원 과정으로 약학과와 제약학과를 운영하고 있다. 국내외에서 약학전공의 학부과정 또는 자연과학 계열 등 타 학부과정을 졸업한 학사학위자도 우리대학 대학원에 진학할 수 있다.

석사학위과정은 2년 과정으로, 총 24학점을 이수하고 지도교수의 지도하에 연구를 수행, 논문을 제출하여 심사를 통과하여야 하며, 박사학위과정은 60학점을 이수하고 박사학위 논문을 제출, 심사를 통과하여야 한다. 또한 석, 박사 통합과정을 운영하고 있으며 이러한 과정을 선택할 경우, 총 60학점을 이수하고 논문을 제출해야 한다.